La Asociación de Universidades Públicas del Paraguay (AUPP), es una Asociación Civil de Utilidad Pública, de Derecho Público sin fines de lucro, que reúne a las Universidades Públicas del Paraguay (Universidad Nacional de Asunción; Universidad Nacional de Este; Universidad Nacional de Pilar; Universidad Nacional de Itapúa; Universidad Nacional de Concepción; Universidad Nacional de Caaguazú; Universidad Nacional de Canindeyú y Universidad Nacional de Villarrica del Espíritu Santo), fue creada en fecha 31 de agosto de 2003, en el Campus de la Universidad Nacional de Itapúa, conforme consta en el Acta de Fundación Nº 01/2003, inscripta en la Dirección General de los Registros Públicos – Sección Personas Jurídicas y Asociaciones, bajo el Nº 642 al folio 8259 y sgtes. Serie “C” el 19 de agosto de 2004.-
Su nuevo Estatuto fue protocolizado en fecha 16 de diciembre de 2022, conforme consta en la Escritura Matriz Nº 998, folio 2950 y sgtes. del Protocolo de la División Comercial Sección “A” del Registro Notarial Nº 1098, con asiento en Coronel Oviedo y autorizada por Mirta E. Benítez de Sachelaridi, en el carácter de Titular de dicho Registro.
La sucesión de Presidencia se dio en el siguiente orden:
2003 – 2004: Prof. Dr. Darío Zarate Arellano, Rector de la Universidad Nacional de Asunción. (Completó el mandato el Prof. Ing. Agr. Pedro Gerardo González)
2004 – 2005: Prof. Dr. Gilberto Ruiz Carvallo, Rector de la Universidad Nacional del Este.
2005 – 2006: Prof. Dr. Víctor Ríos Ojeda, Rector de la Universidad Nacional de Pilar.
2006 – 2007: Prof. Ing. Hildegardo González Irala, Rector de la Universidad Nacional de Itapúa. (Completó el período la Prof. Dra. Yilda Agüero de Talavera)
2007 – 2008: Prof. Lic. Víctor Alfredo Brítez Chamorro, Rector de la Universidad Nacional del Este.
2008 – 2009: Prof. Dr. Víctor Ríos Ojeda, Rector de la Universidad Nacional de Pilar.
2009 – 2010: Prof. Ing. Agr. Pedro Gerardo González, Rector de la Universidad Nacional de Asunción.
2010 – 2011: Prof. Ing. Hildegardo González Irala, Rector de la Universidad Nacional de Itapúa.
2011 – 2012: Prof. Dr. Clarito Rojas Marín, Rector de la Universidad Nacional de Concepción.
2012 – 2013: Prof. Lic. Víctor Alfredo Brítez Chamorro, Rector de la Universidad Nacional del Este.
2013 – 2014 Prof. Dr. Mariano Adolfo Pacher Morel, Rector de la Universidad Nacional de Canindeyú.
2014 – 2015 Prof. Dr. Pablo Martínez Acosta, Rector de la Universidad Nacional de Caaguazú. (Completó el período el Prof. Dr. Mariano Adolfo Pacher Morel)
2015 – 2016 Prof. Dr. Mariano Adolfo Pacher Morel, Rector de la Universidad Nacional de Canindeyú.
2023 – 2024 Prof. Dr. Hermenegildo Cohene Velázquez, Rector de la Universidad Nacional de Itapúa.